Die Stiftung Europainstitut Basel unterstützt das Europainstitut seit den Gründungsjahren. Der Stiftungsrat setzt sich aus Persönlichkeiten der kantonalen Verwaltungen, Politik und Wirtschaft zusammen. Er behandelt Fragen im Bereich des Stiftungszweckes (Verwendung der Stiftungsmittel und Zuwendungen an das Europainstitut sowie Empfehlungen zu strategischen Entscheidungen). Der Stiftungsrat leistet Vernetzungsarbeit nach aussen und bringt seine Expertise in Diskussionen ein.
| Dr. Thomas Staehelin, Präsident | Advokat |
| Prof. Dr. Andreas Bohrer | Lonza AG, Group General Counsel & Comp. Secr. |
| Dr. Andreas Burckhardt | ehemaliger Verwaltungsratspräsident der Baloise Group |
| Martin Dätwyler | Direktor Handelskammer beider Basel |
| Dr. Lukas Engelberger | Regierungsrat, Vorsteher des Gesundheitsdepartements Basel-Stadt |
| Dr. Manuel Friesecke | Regio Basiliensis |
| Lutz Hegemann, M.D., Ph.D. | Novartis, President of Global Health and Swiss Country Affairs |
| Prof. em. Dr. Madeleine Herren-Oesch | ehemalige Direktorin des Europainstituts, Historikerin |
| Dr. Eva Herzog | Ständerätin Basel-Stadt |
| Dr. iur. Thomas von Planta | Verwaltungsratspräsident der Bâloise Holding AG |
| Isaac Reber | Regierungsrat; Vorsteher der Bau- und Umweltschutzdirektion Baselland |
| Prof. Dr. Dr. h.c. Andrea Schenker-Wicki | Rektorin der Universität Basel |
| Oliver Zwemmer | UBS AG, Leiter Wealth Management Nordschweiz |