1992/93 gehörte die Suche nach einem Domizil zu den Vorbereitungsarbeiten. Zahlreiche Liegenschaften wurden geprüft, dann tat sich die Möglichkeit auf, im ersten Stock des Stadtcasinos unterzukommen, ein absolut idealer Standort im Zentrum der Stadt, leicht erreichbar und allgemein wahrnehmbar. Am Eröffnungstag (1. November 1993) präsentierten sich, wie ein schönes Bild belegt, das Institutsteam und alle Kursteilnehmer auf dem grossen Balkon, wo der siegreiche FC Basel jeweils die Huldigungen seiner Fans entgegennimmt. Im Kollegiengebäude war das Institut mit einer grossen Vitrine an prominenter Stelle präsent. Selbstverständlich führte das Institut reguläre und ausserordentliche Veranstaltungen grösseren Formats auch im Hauptgebäude am Petersplatz durch.

Im September 1994 konnte bekannt gegeben werden, dass das Institut dank der Generosität von Jenny-Rose Galliker-Koechlin eine Villa im Gellertquartier beziehen könnte. Die Mäzenin wollte ihr Elternhaus der Universität zur Verfügung stellen, und das Rektorat bestimmte es, nach der Prüfung verschiedener Nutzungsvarianten, seinerseits als Domizil des Europainstituts. Die Stifterin finanzierte in äusserst grosszügiger Weise mit mehreren Millionen Franken die Renovation und den Umbau nach den Wünschen des Instituts (insbesondere mit einem Hörsaal in der im Sousol gelegenen ehemaligen Küche). Das neue Domizil war mit einer prächtigen Terrasse ausgestattet und von einem grossen Garten umgeben. Beides wird in der wärmeren Jahreszeit gerne genutzt, einmal im Jahr mit einer vom Förder- umd Alumniverein gesponserten Grillparty. Da die Villa erst im Herbst 1995 bezugsbereit war, das Institut die Räumlichkeit des Casinos aber nicht länger nutzen konnte, musste das Institut für ein halbes Jahr (ab Frühjahr 1995) in einer Zwischenunterkunft an der Missionsstrasse 64 unterkommen.

Im Herbst 2019 wird das inzwischen stark gewachsene Europainstitut in die Gebäude des ehemaligen Landguts Sandgrube nahe des Badischen Bahnhofs umziehen. Es bleibt dem Europainstitut, den Eigentümern der Villa im Gellertquartier für das während beinahe 25 Jahren gewährte Gastrecht herzlich zu danken. Das Haus war in jeder Beziehung ein wunderbares Domizil: Es hat sich auf das Innenleben des Instituts höchst förderlich ausgewirkt und hat auch gegen Aussen das Institut in vorzüglicher Weise repräsentiert.