1993 konnte das Europainstitut mit einem grosszügigen Budget von leicht über 1,5 Mio. Fr. starten. Auf der Einnahmeseite figurierten die Staatsbeiträge der Kantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft von je 400’000 Fr. Die Kantone Aargau, Solothurn und Jura leisteten ebenfalls eine einmalige Starthilfe von insgesamt 80’000 Fr. Von privater Seite kamen rund 600’000 Fr. An Einnahmen aus Studiengebühren waren 100’000 Fr. vorgesehen. Im folgenden Jahr konnte die Eigenfinanzierung auf rund 180’000 Fr. gesteigert werden. Die Finanzierung war damit für die erste Aufbauphase von 1993–1996 gesichert. Für die zweite Aufbauphase von 1996–1999 musste eine Weiterführung der Staatsbeiträge gesprochen und mussten erneut Privatsponsoren gewonnen werden. Zu diesem Zweck wurde bereits im Dezember 1994 ein spezielles Finanzkomitee gebildet. Die reduzierten Staatsbeiträge wurden in beiden Kantonen im Oktober 1995 bewilligt.

Die Integration des Instituts in die Universität brachte schrittweise Änderungen in der Finanzierung. 2001 erhöhten die beiden Kantone Stadt und Land den Universitätskredit um je 500’000 Fr. mit der Auflage, diese zusätzliche Million zweckgebunden für das Europainstitut zu verwenden. Dies hatte zur Folge, dass das Institut rückwirkend auf den Januar 2001 in das ordentliche Universitätsbudget aufgenommen wurde. Seitdem trägt die Universität das ordentliche Budget des Europainstituts. Zuletzt finanzierte die Universität das Institut mit rund 1,8 Mio. Fr. jährlich.

Der Stiftung fiel fortan die Aufgabe zu, im Voraus bekannte allfällige Finanzierungslücken mit Aufzahlungen auszugleichen. Zu den Leistungen der Stiftung gehört hierbei, das Domizil der Gellert-Villa dem Europainstitut zur Verfügung zu stellen. Ergänzt wird dies durch regelmässige Beiträge der Stiftung zur Finanzierung der Forschungstätigkeit am Institut sowie zum Ausbau der Internationalisierungsarbeit. Im Jahr 2017 konnte unter der Leitung von Stiftungsratspräsident Dr. Thomas Staehelin eine neue Aktion zur Gewinnung von Sponsoren gestartet werden; es wurden hierbei Zusagen von insgesamt 320’000 Fr. eingeworben.