Ende Juli 2011 wurde der Gründungsdirektor und Autor dieser Zeilen emeritiert. Der Abgang des langjährigen Institutsleiters wurde genutzt, um dem Institut eine neue Struktur und als „Institute for European Global Studies“ auch einen neuen Namen zu geben. Nach einer Übergangszeit konnte das Rektorat der Universität im November 2012 zusammen mit einer von ihr eingesetzten Findungskommission bekannt geben, dass die Historikerin Madeleine Herren-Oesch, die damals an der Universität Heidelberg wirkte, als künftige neue Leiterin des Europainstituts zugesagt hatte.

Im Frühjahr 2013 trat die neue Direktorin ihr Amt an. Die wirtschaftswissenschaftlichen und politikwissenschaftlichen Professuren (Weder und Goetschel) erhielten einen neuen Status in ihren Fakultäten. Unverändert blieb der rechtswissenschaftliche Bereich (Tobler). Neu stellte das Rektorat zwei Assistenzprofessuren zur Verfügung: die Tenure-Track-Assistenzprofessor für European Global Studies in philosophischer Ausrichtung von Ralph Weber (CH, mit China als Spezialgebiet) und eine befristete Assistenzprofessur für European Global Studies mit politologischer Ausrichtung von Teresa Pullano (I, mit Transnational Law and Statehood als Spezialgebiet). Vorübergehend war am Institut auch die SNF-Förderprofessur von Corinne A. Pernet (Lateinamerika und Ernährungs- und Entwicklungspolitik) angesiedelt.

Prof. Madeleine Herren-Oesch war es ein Anliegen, die interdisziplinäre Forschungsarbeit des Europainstituts zu stärken. Weiterhin trieb sie von Beginn an das Ziel einer stärkeren internationalen Vernetzung voran: Das von ihr umgesetzte Konzept der internationalen Gastwissenschaftler am Europainstitut, der Visiting Fellows, lief gut an, das Institut konnte stets aus einer grösseren Zahl von Bewerbungen aussuchen. Die neue Leiterin konnte ihre reiche Erfahrung aus dem Heidelberger Exzellenzcluster „Asia and Europe in a Global Context“ einbringen und gab dem Institut, wie vom Rektorat erwartet, eine globale (mit Schwerpunkt auf den Fernen Osten) erweiterte Ausrichtung; weiterhin lenkte sie das Interesse stärker auf die kulturelle Dimension der transnationalen Beziehungen.